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Epitope mapping

L’objectif de l’épitope mapping est d’identifier l’épitope contre lequel est dirigé un anticorps monoclonal.  

Les épitopes conformationnels sont formés à partir de résidus qui sont distants dans la séquence primaire mais réunis par les repliements de la protéine d'intérêt. La détermination des épitopes conformationnels représentent un enjeu majeur pour les acteurs du monde de l'anticorps. Cependant, les techniques habituelles pour la détermination d'épitopes linéaires ne sont pas opérantes.

Agro-Bio a ainsi développé une méthode robuste d'identification des épitopes conformationnels d'un anticorps par des techniques de protéolyse in situ avec la formation d'un complexe antigène-anticorps immobilisé, suivi d'analyses par spectrométrie de masse.

Notre méthode combine : 

  • une étape de digestion protéolytique
  • une étape d’isolation des peptides de l’épitope par chromatographie d’affinité
  • l’analyse finale des fragments de l’épitope par spectrométrie de masse.

Deux approches sont possibles :

  • le complexe Antigène/Anticorps est formé lors de la chromatographie d’affinité et la digestion du complexe est réalisée au sein de la colonne d’affinité
  • la digestion de l’antigène est effectuée avant la formation du complexe Antigène/Anticorps au sein de la colonne d’affinité.

La recherche de cette séquence d’intérêt, proposée par Agro-Bio, est basée sur la protection de l’épitope contre une digestion enzymatique par la formation du complexe Antigène/Anticorps.

Après passage sur chromatographie d’affinité et digestion, les fragments de l’épitope sont élués puis séquencés par spectrométrie de masse.

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